Pohlavné rozdiely u jednoduchých organizmov sú dané genotypovo, rozdielmi v jednom alebo viacerých alelických pároch.
U obojpohlavných živočíchov (hermafroditov) je vytváranie oddelených gonád závislé na diferenciačných procesoch v priebehu individuálneho vývoja (ontogenézy). Podobne je to aj u obojpohlavných semenných rastlín.
Živočíchy s oddeleným pohlavím (gonochoristi) majú jeden pár chromozómov, ktoré sa označujú ako pohlavné chromozómy (heterochromozómy, gonozómy). Jeden z týchto pohlavných chromozómov je párový, druhý tzv. alozóm (obvykle menší) je nepárový.
Ostatné chromozómy sa nazývajú telové, somatické chromozómy – autozómy.
Ak počet všetkých
chromozómov organizmu je 2n, tak počet gonozómov je vždy 2ks a počet autozómov je 2n-2 pričom nezáleží na celkovom počte chromozómov.
Človek má v bunkách 46 chromozómov (23 párov), z ktorých je 44 (22 párov) autozómov a 1 pár pohlavných chromozómov
(gonozómov).
Autozómy sú u oboch pohlaví rovnaké, pohlavné chromozómy sa u oboch pohlaví odlišujú. Gonozómy sa označujú symbolmi X a Y a ich kombinácia určuje pohlavie. Kombinácia XX (homogametické pohlavie) určuje jedno pohlavie, a XY druhé (heterogametické pohlavie). Kombinácia YY neexistuje a nemôže sa vôbec vyskytnúť. Pri oplodnení prináša jedna gaméta jeden a druhá gaméta druhý gonozóm.
Podľa toho či je homogametickým alebo heterogametickým pohlavím samček alebo samička rozlišujeme dva základné typy chromozómového určenia pohlavia :
K tomuto typu chromozómového určenia pohlavia sa zaraďujú aj prípady známe u niektorých skupín hmyzu (rovnokrídlovce, blanokrídlovce), pri ktorom alozóm (Y) vôbec neexistuje, samičky sa liahnu z oplodnených vajíčok (XX), samčeky sa liahnu z neoplodnených vajíčok. Preto majú len jeden párový chromozóm a druhý úplne chýba (X-) – (typ Protenor)
Význam chromozómového určenia pohlavia je v tom, že pri párení samčeka so samičkou je zaručená rovnaká pravdepodobnosť vzniku samčích aj samičích potomkov (s prihliadnutím na iné faktory).