Bezpečnosť prepravy tovaru je prvotným a rozhodujúcim predpokladom kvality prepravy. Ak porovnáme železničnú dopravu s inými druhmi dopravy, zistíme, že práve železničná doprava je nepochybne najbezpečnejším druhom dopravy. Svedčí o tom nielen celkovo menší výskyt dopravných nehôd, ale aj menšie straty, ktoré sú spojené s ich prípadnou existenciou. Využívaním železničnej dopravy sa preto každoročne predchádza stratám desiatok životov, stovkám zranení a desiatkam miliónov na materiálnych škodách.
Nehodovosť účastníkov železničnej dopravy je takmer nulová, čo nemožno povedať o automobilovej, ani leteckej doprave. V cestnej doprave pri každej dopravnej nehode dochádza priamo k ohrozeniu bezpečnosti účastníkov dopravy. Navyše, k najzávažnejším nehodám na železničných tratiach dochádza práve na železničných priechodoch vinou vodičov motorových vozidiel. Vysoký stupeň bezpečnosti železničnej dopravy ju preto radí do popredia v porovnaní s ostatnými druhmi dopravy.
Železničná doprava zároveň odľahčuje aj tak už dosť preťaženú sieť diaľnic a ciest 1. triedy, čím prispieva k zvýšeniu plynulosti a bezpečnosti dopravy na cestách a zabezpečuje tak väčšiu ochranu prepravovaného tovaru pred jeho poškodením a stratou.
Ľudské aktivity nepoznajú hranice štátov a svetadielov, neustále sme svedkami rastu objemov nielen produkcie, ale aj spotreby. Rast nás sprevádza na každom kroku, dopravu nevynímajúc. Rastú počty a objemy prepráv a každým dňom sa zvyšujú požiadavky na rýchlosť, presnosť, spoľahlivosť a pružnosť dopravy. Milióny ton tovaru prepravovaného denne rôznymi druhmi dopravy pochopiteľne vplývajú aj na kvalitu životného prostredia. Zodpovednosť za jeho zachovanie je povinnosťou každého človeka, každej organizácie, nehovoriac o tom, že apel na ochranu životného prostredia je stále viac citeľný. Schopnosť ekologicky plniť požiadavky zákazníkov sa preto v súčasnosti stáva nielen jedným zo základných kritérií na posudzovanie kvality prepravných služieb, ale aj významnou konkurenčnou výhodou železničných dopravcov.
Železničná doprava je v mnohých prípadoch nielen efektívnym dopravným systémom, ale najmä systémom environmentálne vyhovujúcim, pretože veľké objemy tovaru môžu byť na veľké vzdialenosti prepravené nielen rýchlo, ale aj s minimálnym dosahom na životné prostredie. V porovnaní s automobilovou či leteckou dopravou je železničná doprava najviac šetrná k životnému prostrediu, pretože produkuje menšie množstvo emisií. V železničnej doprave sú tiež niekoľkonásobne nižšie náklady na obnovu zasiahnutého životného prostredia ako pri doprave automobilovej. Z celkových nákladov na redukciu škodlivého vplyvu emisií z dopravy na životné prostredie len 8 percent pripadá na železničnú dopravu, ale až 90 percent na dopravu cestnú, a to pri menej ako polovičnom prepravnom výkone cestnej dopravy.
Významnou skutočnosťou, ktorá posúva železničnú dopravu pred dopravu cestnú, je aj nízky záber poľnohospodárskej pôdy. Zatiaľ čo cestná doprava zaberá takmer 74 percent takto využitej poľnohospodárskej pôdy, železničná doprava sa na tomto zábere podieľa len 27 percentami, pričom má takmer dvojnásobne vyšší prepravný výkon. Dôkazom je aj skutočnosť, že na výkon jedného milióna tonových kilometrov pripadá v cestnej doprave takmer 7 hektárov poľnohospodárskej pôdy, kým v železničnej doprave je to len 1 hektár.
Taktiež zaťaženie životného prostredia hlukom v železničnej doprave dosahuje v porovnaní s cestnou dopravou nižšie hodnoty. Intenzita železničnej dopravy je viazaná cestovným poriadkom a železničná infraštruktúra je budovaná predovšetkým mimo obytných zón, kým veľké prepravné prúdy cestnej dopravy sú smerované aj do obytných zón.
Trendom budúcnosti v preprave po zohľadnení všetkých nárokov na dopravu sa stáva kombinovaná doprava. Tento systém prepravy kladie nosný dôraz práve na využívanie železničnej dopravy a je doplnený o pozitíva ostatných druhov dopráv. Kombinuje výhody flexibility a rýchleho premiestnenia tovaru s primeranou energetickou náročnosťou dopravy, vyzdvihuje ekologický rozmer dopravy, minimalizuje zásahy dopravy na životné prostredie a spoločnosť zaťažuje racionálnymi ekologickými nákladmi.
Nepopierateľnou výhodou kombinovanej dopravy je možnosť zapojenia do uceleného logistického reťazca s využitím nákladových jednotiek kombinovanej dopravy a s dodaním tovaru „z domu do domu“. Keďže preprava v nákladových jednotkách sa uskutočňuje bez manipulácie s tovarom, existuje tu menšie riziko jeho straty alebo poškodenia a celý prepravný proces sa urýchľuje.